Un litre d'eau de rivière

1. $11500/48000\approx 24\%$. Près d'un quart des séquences ne correspond à aucune référence connue de la base : il s'agit d'organismes non répertoriés, ou de références manquantes pour des espèces pourtant décrites. C'est une mesure directe de notre ignorance — et l'une des rares qu'on sache chiffrer.

2. Non. Le nombre de séquences dépend de la quantité d'ADN libérée, qui varie avec la taille de l'animal, son métabolisme, sa mue, sa position dans le courant. La méthode donne une présence fiable et une abondance seulement indicative. Conclure à un rapport de $75$ serait une surinterprétation.

3. Que de l'ADN de loutre est présent dans l'eau. Cela indique le passage récent d'une loutre en amont — pas nécessairement dans le tronçon échantillonné, ni au moment du prélèvement. La détection d'une espèce discrète et nocturne par un simple litre d'eau est précisément ce qui fait la valeur de la méthode.

4. Un témoin négatif : un échantillon d'eau distillée traité exactement comme les autres. S'il donne des séquences, il y a eu contamination, et l'ensemble des résultats est suspect. La contamination est le risque numéro un de toutes les techniques fondées sur l'amplification de l'ADN.

5. Avantage : aucune capture, aucun stress, aucun dommage pour les animaux, et détection d'espèces rares ou nocturnes qu'une pêche manquerait. Limite : on n'obtient ni la taille, ni l'âge, ni l'état sanitaire, ni même la certitude que l'animal était vivant ; et l'abondance reste approximative. Les deux méthodes sont complémentaires, non substituables.