Diversité génétique et origine africaine

Selon le modèle de l'origine africaine récente, Homo sapiens est apparu en Afrique, où réside donc la plus grande diversité génétique (population la plus ancienne et la plus nombreuse). Lors de chaque vague de migration vers un nouveau continent, seule une fraction de la population part, n'emportant qu'une partie de la diversité génétique disponible : c'est un effet d'échantillonnage (effet fondateur).

Plus une population est éloignée de l'Afrique au terme d'une succession de migrations, plus sa diversité a été appauvrie à chaque étape. L'Amérique du Sud, atteinte la dernière au bout d'un long trajet (Afrique, Asie, détroit de Béring, descente du continent américain), présente donc logiquement la diversité la plus faible. Le gradient observé est donc en accord avec ce modèle.